In seiner Sitzung im März 2023 hat der Vorstand des Comenius-Instituts nachstehend abgebildete Organisationsstruktur beschlossen. Diesem Beschluss ging ein längerer Prozess der Organisations- und Unternehmensberatung voraus.
In einer außerordentlichen Mitgliederversammlung im Juni 2007 wurde die Satzung des Comenius-Instituts, Evangelische Arbeitsstätte für Erziehungswissenschaft e.V. neu gefasst. Sie finden den Satzungstext hier:
